Główne zmiany w Wytycznych polegają na:

• podniesieniu dla zamówień progu determinującego stosowanie zasady konkurencyjności z 50 tys. zł netto do 80 tys. zł netto – sekcja 3.2.2;
• doprecyzowaniu (zgodnie z wyrokiem Sądu z dnia 22 czerwca 2022 r. w sprawie T-357/19), że prawną możliwość odzyskania podatku VAT zgodnie z przepisami prawa krajowego należy badać nie tylko z punktu widzenia beneficjenta, lecz również innego podmiotu ponoszącego wydatki w projekcie (partnera, grantobiorcy, ostatecznego odbiorcy, uczestnika projektu) – podrozdział 3.5;
• doprecyzowaniu postanowień wytycznych w zakresie zapobiegania konfliktowi interesów – podrozdział 3.2;
• doprecyzowaniu (zgodnie z art. 64 ust. 1 lit. b rozporządzenia ogólnego nr 2021/1060), że limity 10% oraz 15% odnoszą się do nabycia (zakupu) nieruchomości i nie dotyczą wydatków poniesionych na nabycie innych tytułów prawnych do nieruchomości – podrozdział 3.4.

W dniu 25.03.2025 r  w Monitorze Polskim - https://monitorpolski.gov.pl/MP/rok/2025/pozycja/273 opublikowano Komunikat Ministra Funduszy i Polityki Regionalnej z dnia 19 marca 2025 r. w sprawie zmienionych wytycznych dotyczących kwalifikowalności wydatków na lata 2021–2027. 

Ważne:  
Do oceny kwalifikowalności wydatków stosuje się wersję Wytycznych obowiązującą w dniu poniesienia wydatku. 
Do oceny prawidłowości przeprowadzonego postępowania o udzielenie zamówienia oraz zawartej w ramach projektu umowy w sprawie zamówienia stosuje się wersję Wytycznych obowiązującą w dniu wszczęcia postępowania, które zakończyło się zawarciem umowy. Wszczęcie postępowania jest tożsame z publikacją zapytania ofertowego, o którym mowa w sekcji 3.2.3 Wytycznych, lub ogłoszenia o prowadzonym naborze pracowników na podstawie stosunku pracy, pod warunkiem, że beneficjent udokumentuje publikację.